分子筛效应是生物化学中的一个现象，指的是当含有多种分子成分的样品溶液缓慢流经凝胶色谱柱时，各分子在柱内会进行两种不同的运动：垂直向下的移动和无定向的扩散运动。在这个过程中，大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，而只能分布于颗粒之间，因此在洗脱时移动速度较快；而小分子物质则可以进入凝胶颗粒的微孔中，在向下移动的过程中会不断地从一个凝胶颗粒扩散到颗粒间隙，再进入另一个凝胶颗粒，这样的过程导致其下移速度落后于大分子物质。最终的结果是，样品中分子大的物质会先流出色谱柱，中等分子的物质后流出，而分子最小的物质最后流出。这种现象就被称为“分子筛效应”。

此外，分子筛效应也体现在琼脂糖凝胶电泳中，不同大小的核酸分子在通过琼脂糖凝胶时，受到的阻力不同，大分子受阻力大，迁移速度慢，小分子受阻力小，迁移速度快，因此核酸分子的迁移距离与其分子量呈反比关系，实现了基于大小的分离。